Walaupun legendanya itu kebanyakannya dikaitkan dengan Kesultanan Mataram Jawa abad ke-16, manuskrip yang lebih tua mengesan asal legenda beliau ke era kerajaan Sunda dari Pajajaran, lagenda puteri malang Kadita. Walau bagaimanapun, kajian antropologi Jawa dan Sunda dan kajian kebudayaan menunjukkan bahawa mitos Ratu Laut Selatan Jawa mungkin berasal kepercayaan animistik prasejarah dari lebih tua, dewi perempuan pra-Hindu-Buddha laut selatan. Gelombang sengit Lautan Hindi di kawasan pantai Jawa selatan, ribut dan kadang-kadang tsunami, mungkin telah menimbulkan kekaguman penduduk tempatan dan perasaan takut pada kuasa semula jadi, dan mengaitkannya dengan alam roh dewa-dewi dan roh-roh jahat yang mendiami lautan selatan diperintah oleh ratu mereka, dewi perempuan, kemudian dikenal pasti sebagai "Ratu Kidul".

Legenda Jawa abad ke-16 menghubungkan Ratu Laut Selatan sebagai pelindung dan isteri rohani pada Kesultanan raja-raja Mataram. putera Panembahan Senopati (1586-1601 M), pengasas Kesultanan Mataram, dan cucunya Sultan Agung (1613-1645 AD) yang menamakan Kanjeng Ratu Kidul sebagai pengantin perempuan mereka, merutut dakwaan dalam Babad Tanah Jawi.[10]

Menurut legenda Jawa bertarikh dari abad ke-16 CE, putera Panembahan Senopati itu, bercita-cita untuk menubuhkan kerajaan baru Kesultanan Mataram menetang penguasaan pemerintahan Pajang. Dia melakukan perbuatan zuhud melalui bertafakur di pantai Parang Kusumo, selatan rumahnya di bandar Kota Gede. Tafakur beliau menyebabkan fenomena ghaib yang berkuasa membimbangkan dalam kerajaan rohani Laut Selatan. Ratu Nyai Roro Kidul telah ke pantai untuk melihat siapa yang telah menyebabkan gejala ini dalam kerajaan beliau. Melihat putera kacak, permaisuri Nyai Roro Kidul serta-merta jatuh cinta dan meminta raja untuk menghentikan tafakur beliau. Sebagai balasan ratu dewa, yang memerintah alam rohani laut selatan, bersetuju untuk membantu Panembahan Senopati dalam usaha politiknya untuk menubuhkan sebuah kerajaan baru. Dalam usaha untuk menjadi pelindung rohani kerajaan ini, Ratu Nyai Roro Kidul diminta untuk diikat dengan raja melalui perkahwinan, sebagai isteri rohani Panembahan Senopati dan penggantinya, siri raja-raja Mataram.

Satu cerita rakyat Sunda menyebut mengenai Dewi Kadita, puteri ayu Kerajaan Pajajaran, di Jawa Barat, yang terdesak lalu melarikan diri ke Laut Selatan selepas dituju ilmu hitam. Ilmu hitam tersebut telah dikenakan oleh seorang ahli sihir yang di bawah arasah saingan yang cemburu di dalam istana, dan menyebabkan puteri yang ayu telah menderita penyakit kulit yang menjijikkan. Dia terjun ke dalam ombak ganas Lautan mana dia akhirnya sembuh dan memulihkan kecantikannya, dan semangat dan syaitan laut menobatkan gadis tersebut sebagai Ratu Roh legenda Laut Selatan..[11]

Versi sama kisah di atas menyebut bahawa raja (pada masa itu), bapanya, merancang untuk bersara dari takhta, telah berkahwin lagi. Ketika itu seorang Ratu tidak dibenarkan memerintah. Isteri baru raja akhirnya mendapat mengandung, tetapi, disebabkan cemburu, memaksa raja untuk memilih antara dirinya atau anak perempuannya. Jika dia memilih anak perempuannya, maka isterinya itu akan meninggalkan istana dan takhta akan jatuh di tangan seorang Ratu. Jika isterinya itu dipilih, anak perempuan itu akan diharamkan dari istana dan anak yang baru, yang belum dilahirkan, akan menjadi raja. Raja menyelesaikan masaalah ini dengan ilmu sihir untuk menjadikan anak perempuannya mengalami penyakit kulit. Anak perempuannya, kini dilarang dari istana, mendengar suara yang memberitahu beliau untuk pergi ke laut pada tengah malam untuk menyembuhkan penyakit beliau. Dia pergi, dan hilang, tidak dapat dilihat lagi.

Satu lagi cerita rakyat Sunda mencerikatakn Banyoe Bening (bermaksud air jernih) menjadi Queen Ratu kerajaan Djojo Koelon dan, mengidap penyakit kusta, mengembara ke Selatan di mana ia ditelan oleh gelombang besar dan hilang ke dalam laut.[12]

Satu lagi cerita rakyat Jawa Barat adalah mengenai Ajar Cemara Tunggal (Adjar Tjemara Toenggal) di atas gunung Kombang di Kerajaan Pajajaran. Beliau adalah seorang lelaki peramal dan yang sebenarnya merupakan ibu nenek saudara pada Raden Jaka Susuruh. Dia menyamar sebagai psikik dan berpesan pada Raden Jaka Susuruh untuk pergi ke timur Jawa untuk mengasaskan kerajaan di tempat di mana -sebatang pokok tree maja hanya memiliki sebiji buah; buah yang pahit, Pait dalam bahasa Jawa, darimana kerajaan itu mendapat nama Majapahit. Pelihat Cemara Tunggal akan berkahwin dengan pengasas Majapahit dan mana-mana keturunan sulung, untuk membantu mereka dalam semua jenis perkara. Walaupun kemudiannya semangat pelihat itu akan transmigrated menjadi "semangat-ratu selatan" yang akan memerintah roh-roh, syaitan dan segala makhluk yang gelap.[13]